Đại hội (Congreso) được xác định là cơ quan tối cao của đảng, bầu chọn ra các Ủy viên Trung ương, phê duyệt điều lệ và các nghị quyết của đảng. Đại hội thành lập năm 1965 quy định các kỳ đại hội họp định kỳ mỗi 5 năm, hoặc khi Ủy ban Trung ương triệu tập Đại hội bất thường. Tuy nhiên, mãi đến năm 1975, Đại hội đầu tiên mới được tổ chức. Kỳ Đại hội VI cũng được hoãn nhiều lần và chỉ được tổ chức vào tháng 4 năm 2011, sau 14 năm gián đoạn kể từ Đại hội V.
Ủy ban Trung ương (Comité Central) là cơ quan điều hành hoạt động của đảng giữa các kỳ đại hội, quyết định số lượng và bầu chọn thành viên của Bộ Chính trị, bầu Bí thư thứ nhất và thứ hai, thực hiện các nghị quyết, chính sách và chương trình mà Đại hội đã thông qua. Ủy ban Trung ương họp định kỳ mỗi năm 1 lần và đột xuất theo triệu tập của Bộ Chính trị. Ủy ban Trung ương được thiết lập đầu tiên ngay trong Đại hội thành lập vào năm 1965, với 225 thành viên, đã bầu Fidel Castro làm Bí thư thứ nhất và em trai Raul làm Bí thư thứ hai. Tại Đại hội V, số thành viên Ủy ban đã giảm xuống còn 150. Tại Đại hội VI, Fidel rút khỏi Bộ Chính trị, Raul Castro được bầu làm Bí thư thứ nhất và José Ramón Machado Ventura được bầu làm Bí thư thứ hai.
Bộ Chính trị (Buró Político) là cơ quan quản lý cao nhất, quyết định đường lối của đảng, thực hiện các nghị quyết của Đại hội và Ủy ban Trung ương. Thời kỳ đầu, Bộ Chính trị chỉ có vài thành viên, gồm Bí thư thứ nhất và thứ hai cùng các Ủy viên Hội đồng Nhà nước. Năm 1991, Bộ Chính trị sáp nhập với Ban Bí thư để trở thành Bộ Chính trị mở rộng gồm 24 thành viên. Năm 2006, lại tách thành 2 cơ quan riêng biệt.
Ban Bí thư (Secretariado) là cơ quan giúp việc cho Bộ Chính trị, gồm các thành viên là những người đứng đầu Ban Thường trực của Ủy ban Trung ương. Năm 1991, được sáp nhập với Bộ Chính trị để trở thành Bộ Chính trị mở rộng. Năm 2006, Ban Bí thư được thiết lập trở lại với vai trò như là một cơ quan thừa hành ở cấp chính phủ của đảng.
